Dica: somente proprietários da organização podem excluir equipes pai. Para obter mais informações, confira "Sobre equipes".
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No canto superior direito do GitHub Enterprise Server, selecione sua foto do perfil e em Suas organizações.  
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Clique no nome da sua organização. 
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Abaixo do nome da sua organização, clique em Equipes.  
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Selecione as equipes que deseja excluir.  
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Acima da lista de equipes, clique no menu suspenso X equipes selecionadas e, em seguida, em Excluir.  
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Revise a equipe ou as equipes que serão excluídas e clique em Entendi, exclua as equipes.