Se você não permitir a publicação de sites de GitHub Pages, todos os sites publicados permanecerão publicados. Você pode remover manualmente a publicação do site. Para obter mais informações, confira "Cancelar a publicação de um site do GitHub Pages".
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No canto superior direito do GitHub Enterprise Server, selecione sua foto do perfil e em Suas organizações.  
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Ao lado da organização, clique em Configurações. 
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Na seção "Acesso" da barra lateral, clique em Privilégios de membros. 
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Em "Criação de páginas", marque ou desmarque a opção Permitir que os membros publiquem sites. 
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Clique em Salvar.