Sobre as alterações de visibilidade de projetos
Você pode restringir quem tem a capacidade de alterar a visibilidade dos projects e projetos (clássico) em sua organização, como restringir membros de alterar um projects e projetos (clássico) de privado para público.
É possível limitar a capacidade de alterar a visibilidade do project e projeto (clássico) para apenas proprietários da organização ou permitir que qualquer pessoa receba permissões de administrador para alterar a visibilidade.
Como permitir que os membros alterem a visibilidade do projeto
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No canto superior direito do GitHub Enterprise Server, selecione sua foto do perfil e em Suas organizações.  
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Ao lado da organização, clique em Configurações. 
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Na seção "Código, planejamento e automação" da barra lateral, clique em Projetos. 
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Para permitir que os membros ajustem a visibilidade do projeto, selecione Permitir que os membros alterem a visibilidade do projeto dessa organização. 
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Clique em Salvar.