Se você não permitir a publicação de sites de GitHub Pages, todos os sites publicados permanecerão publicados. Você pode despublicar manualmente o site. Para saber mais, confira Cancelar a publicação de um site do GitHub Pages.
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No canto superior direito de GitHub, clique na foto de perfil e clique em Your organizations.
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Selecione uma organização clicando nela.
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No nome da organização, clique em Settings. Caso não consiga ver a guia "Configurações", selecione o menu suspenso , clique em Configurações.

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Na seção "Access" da barra lateral, clique em Member privileges.
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Em "Criação de páginas", marque ou desmarque a opção Permitir que os membros publiquem sites.
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Clique em Salvar.