Pessoas com permissões de gravação para um repositório podem definir um processador markdown para um site do GitHub Pages.
O GitHub Pages dá suporte a dois processadores de Markdown: o kramdown e o próprio processador de Markdown do GitHub, que é usado para renderizar o GFM (GitHub Flavored Markdown) no GitHub. Para saber mais, confira Sobre gravação e formatação no GitHub.
Você pode usar o GitHub Flavored Markdown com qualquer processador.
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No GitHub, acesse o repositório do seu site.
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No repositório, procure o arquivo _config.yml.
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No canto superior direito da exibição de arquivo, clique em para abrir o editor de arquivos.

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Localize a linha que começa com
markdown:e altere o valor parakramdownouGFM. A linha completa deve sermarkdown: kramdownoumarkdown: GFM. - 
Clique em Fazer commit das alterações...
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No campo "Mensagem do commit", digite uma mensagem curta e relevante que descreva a alteração que você fez no arquivo. Você pode atribuir o commit a mais de um autor na mensagem de commit. Para saber mais, confira Criar um commit com vários autores.
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Abaixo dos campos de mensagem do commit, opte por adicionar o commit ao branch atual ou a um novo branch. Se seu branch atual for o branch-padrão, você deverá optar por criar um novo branch para seu commit e, em seguida, criar um pull request. Para saber mais, confira Como criar uma solicitação de pull.

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Clique em Fazer commit de alterações ou em Propor alterações.