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Em GitHub, acesse a página principal do repositório.
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No nome do repositório, clique em Settings. Caso não consiga ver a guia "Configurações", selecione o menu suspenso , clique em Configurações.

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Em "Recursos", desmarque Problemas.
 
Se você decidir habilitar problemas novamente no futuro, qualquer problema que tenha sido adicionado anteriormente ficará disponível.