Sobre issues com fechamento automático
Por padrão, a mesclagem de uma pull request vinculada fecha automaticamente o issue associado. Você pode substituir o comportamento padrão desabilitando o fechamento automático.
Habilitando ou desabilitando o fechamento automático de issues
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Em GitHub, acesse a página principal do repositório.
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No nome do repositório, clique em Settings. Caso não consiga ver a guia "Configurações", selecione o menu suspenso , clique em Configurações.

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Em General, role para baixo até a seção Issues.
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Selecione ou desmarque Auto-close issues with merged linked pull requests para habilitar ou desabilitar o fechamento automático.