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En la esquina superior derecha de GitHub, haz clic en la foto del perfil y luego en Your organizations.
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Junto a la organización, haga clic en Settings.
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En la sección "Third-party Access" de la barra lateral, haz clic en OAuth app policy.
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Junto a la aplicación que deseas deshabilitar, haz clic en .

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Haga clic en Denegar acceso.
 
Denegación del acceso a una aplicación de OAuth anteriormente aprobada para tu organización
Si una organización ya no requiere una OAuth app previamente autorizada, los propietarios pueden eliminar el acceso de la aplicación a los recursos de la organización.