Sobre a exclusão de arquivo
É possível excluir um arquivo individual no repositório.
Se você tentar excluir um arquivo em um repositório no qual você não tem permissões de gravação, faremos uma bifurcação do projeto para a sua conta de usuário e iremos ajudá-lo a enviar um pull request para o repositório original depois de fazer commit da sua alteração. Para obter mais informações, consulte "Sobre pull requests".
Se o arquivo que você excluiu contém dados cnfidenciais, os dados ainda estarão disponíveis no histórico Git do repositório. Para remover completamente o arquivo de GitHub Enterprise Server, você deve remover o arquivo do histórico do seu repositório. Para obter mais informações, consulte "Remover dados confidenciais do repositório".
Excluir um arquivo
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Navegue até o arquivo no repositório que deseja excluir. 
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Na parte superior do arquivo, clique . 
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No final da página, digite uma mensagem de commit curta e significativa que descreva a alteração feita no arquivo. Você pode atribuir o commit a mais de um autor na mensagem de commit. Para obter mais informações, consulte "Criar um commit com vários co-autores."  
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Abaixo dos campos de mensagem do commit, opte por adicionar o commit ao branch atual ou a um novo branch. Se seu branch atual for o branch-padrão, você deverá optar por criar um novo branch para seu commit e, em seguida, criar um pull request. Para obter mais informações, consulte "Criar uma nova pull request."  
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Clique em Propose file change (Propor alteração no arquivo). 