Aviso
Quando você altera o branch base da pull request, alguns commits podem ser removidos da linha do tempo. Os comentários da revisão também podem se tornar desatualizados, pois a linha de código mencionada no comentário pode não fazer mais parte das alterações na pull request.
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Abaixo do nome do repositório, clique em Pull requests.

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Na lista "Pull Requests", clique na pull request que deseja modificar.
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Ao lado do título da solicitação de pull, clique em Editar.

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No menu suspenso do branch base, selecione o branch base com o qual deseja comparar as alterações.

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Leia as informações sobre como alterar o branch base e clique em Alterar base.
 
Dica
Quando você abrir uma pull request, o GitHub definirá a base como o commit referenciado pelo branch. Se o branch for atualizado no futuro, o GitHub não atualizará o commit do branch de base.