Organization がメンバーに 2 要素認証を使うことを要求しているなら、ユーザを Organization に追加する前にそのユーザは 2 要素認証を有効化していなければなりません。
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GitHub Enterprise Serverの右上で、プロフィール画像をクリックし、続いてYour profile(あなたのプロフィール)をクリックしてください。

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プロフィールページの左側で、"Organizations"の下であなたのOrganizationのアイコンをクリックしてください。

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Organization名の下で、 People(人)をクリックしてください。

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People(人)タブで、Add member(メンバーを追加)をクリックしてください。

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追加したい人のユーザ名、フルネーム、あるいはメールアドレスを入力し、Invite(招待)をクリックしてください。

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追加しようとしている人が、過去3ヶ月以内にOrganizationのメンバーだったなら、権限をリストアするか、まったく新たに始めるかを選択し、 add and reinstate(追加して復帰)もしくは add and start fresh(追加して新規)をクリックしてください。

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招待している人がOrganizationのメンバーだったことがないか、その権限をあなたがクリアしたなら、そのユーザのロールを選択してください。

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Organizationが複数のライセンスを持つEnterpriseアカウントに属しているなら、ユーザのライセンスを選択してください。

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あるいは、Organization中のTeamにユーザを追加してください。

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Add member(メンバーの追加)をクリックしてください。