Proprietários podem definir permissões para excluir ou transferir repositórios na organização.
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In the top right corner of GitHub Enterprise Server, click your profile photo, then click Your organizations.

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Ao lado da organização, clique em Configurações.

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Na barra lateral esquerda, clique em Member privileges (Privilégios de membro).

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Em "Repository deletion and transfer" (Exclusão e transferência de repositório), marque ou desmarque a opção Allow members to delete or transfer repositories for this organization (Permitir que os integrantes excluam ou transfiram repositórios na organização).

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Clique em Salvar.